La Maestría en Ingeniería en sus distintas áreas de formación (Calidad del Agua, Construcción e Hidráulica) tiene una duración de cuatro semestres y está estructurado en cuatro bloques de asignaturas: asignaturas básicas comunes a las tres opciones terminales, asignaturas de seminarios, asignaturas obligatorias de ciencias de la ingeniería y asignaturas optativas de ingeniería aplicada.

Las asignaturas básicas comunes a las tres áreas de formación, se cursarán en el primer semestre; en el que se incluyen Matemáticas l y Diseño de Experimentos  las cuales obedecen a las recomendaciones de los CIEES; por otro lado, también se ha incluido la asignatura Desarrollo Sustentable como una necesidad de reforzar la conciencia y la cultura de la conservación del medio ambiente, y como una respuesta a los requerimientos actuales de conocer la rentabilidad financiera, además de la factibilidad social y ambiental de los proyectos en las diversas etapas de su ciclo de vida, se incluyó la asignatura Evaluación de Proyectos.

Las asignaturas de seminarios establecen el área de estudio que el alumno desea investigar, apoyado en las líneas de investigación de cada área de formación. El Seminario l será impartido en forma presencial con contenidos basados en la Metodología de la investigación en la primera parte y posteriormente se orientará a la elaboración del protocolo de tesis. Para aprobar la asignatura Seminario l será necesario haber concluido el protocolo de tesis y la calificación será asignada por el profesor de la misma. Para aprobar Seminario lll, deberá acumular un avance del 100% de la tesis, según el programa establecido en el protocolo y la calificación será asignada por el director de tesis designado para tal fin.

Las asignaturas obligatorias de ciencias de la ingeniería corresponden a la especialización de cada área de formación y se cursarán en el segundo semestre. Para la formación en Calidad del Agua, las asignaturas consideran aspectos relacionados con la contaminación del agua y su tratamiento. Para la formación en Construcción, se han considerado el manejo de la normatividad de la obra pública para asignar el costo de un proyecto, la implementación de un proyecto desde sus fases muy tempranas hasta la fase de evaluación, en un solo proceso, además de considerar en esta área de formación un conocimiento ordenado de estudios y los parámetros geotécnicos que definen al proyecto. Para el área de formación en Hidráulica, la hidrología de superficie, la mecánica de fluidos, el análisis numérico y la hidráulica de canales. Estas asignaturas obligatorias pueden ser sustituidas por otras, siempre y cuando el Comité Tutorial considere que se fortalecerá la formación académica del alumno e impactará en el adecuado desarrollo de su tesis. 

Las asignaturas optativas de ingeniería aplicada, que basadas en las ciencias de la ingeniería, contribuirán a ubicar al alumno en alguna línea de formación de alguna de las tres opciones terminales, por lo que existe un campo de asignaturas optativas para cada opción. Así mismo, estas asignaturas pueden sustituirse por otras que no se encuentren consideradas en el Plan de Estudios pero que de acuerdo al Comité Tutorial se consideren necesarias para el fortalecimiento académico y profesional del alumno y adecuado desarrollo de su tesis.

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